Na área de saúde, a Fetaep e os Sindicatos de Trabalhadores Rurais filiados lutam para que toda a população do meio rural tenha acesso aos serviços básicos oferecidos pelo poder público.
Além disso, o movimento sindical trabalha para assegurar a saúde e a segurança do agricultor familiar e dos assalariados rurais no ambiente de trabalho. Nesse sentido, há uma preocupação em reduzir a contaminação por agrotóxicos, em garantir que os trabalhadores tenham equipamentos de proteção individual e sejam orientados sobre a sua utilização, estejam protegidos de ambientes insalubres, entre outros. Por isso, a Fetaep e os STRs têm cobrado dos órgãos competentes a fiscalização do cumprimento da Norma Regulamentadora 31, que trata da saúde e segurança dos trabalhadores.
Desenvolve ainda ações voltadas à promoção da saúde reprodutiva da mulher trabalhadora rural.
Os trabalhadores rurais também são representados pela Fetaep no Conselho Estadual de Saúde - que delibera sobre políticas públicas voltadas a essa área -, na Comissão Estadual da Saúde da Mulher e na Comissão Estadual da Saúde do Trabalhador.